المرکز الاسلامی ایک رجسٹرڈ ادارہ ہے۔ ادارہ کا نظم شورائی ہے۔ مختلف مجالس قائم ہیں جو مختلف امور کی ذمہ دار ہیں اور ان سے متعلق امور مشاورت سے طے پاتے ہیں۔
مجلس شوری:
پانچ افراد پر مشتمل مجلس شوری ادارہ کی سب سے با اختیار مجلس ہے۔ شعبہ جات اور درجات کا اضافہ، اساتذہ و ملازمین کا تقرر و عزل سمیت ان کے جملہ امور، نیز مالیاتی امور وغیرہ اس مجلس سے متعلق ہیں۔
سربراہ: مجلس شوری کے سربراہ ادارہ کے مدیر ہیں۔ ان کی عدم موجودگی میں نائب مدیر مجلس کی سربراہی کرتے ہیں۔
مجلس تعلیمی:
ادارہ کے اساتذہ کرام پر مشتمل ایک مجلس ہے، جس میں تعلیم سے متعلق تمام امور مشاورت سے طے کئے جاتے ہیں۔ تعلیمی سال کا آغاز، داخلے، چھٹیاں، نصاب اور امتحان سے متعلق جملہ امور طے کرنا مجلس کا دائرہ کار ہے۔
سربراہ: اس مجلس کی سربراہی ادارہ کے نائب مدیر کرتے ہیں، ان کی عدم موجودگی میں سربراہی ناظم تعلیمات کرتے ہیں۔
مجلس منتظمہ:
ادارہ کے ناظمین پر مشتمل ایک مجلس ہے، جو ادارہ کے اندرونی نظم کی ذمہ دار ہے۔ تعلیمی امور کے علاوہ طلباء سے متعلق امور نیز روزمرہ کے پیش آمدہ مسائل کو مشاورت سے حل کرنا اس مجلس کا دائرہ کار ہے۔
سربراہ: مجلس منتظمہ کی سربراہی ناظم تعلیمات کرتے ہیں۔ ان کی عدم موجودگی میں ناظم عمومی اس مجلس کی سربراہی کرتے ہیں۔